"The time has come. Execute Order 66."

- Palpatine til adskildelige klonkommandøre.

Ordre 66 var en kommando alle klonsoldater i den galaktiske republik havde fået indlært. Ordren gik ud på, at alle jedier blev erklæret som forrædere og skulle henrettes. Dette indledte "the Great Jedi Purge", Det Galaktiske Imperiums oprejsning og Oprørsalliancens skabelse.

Næsten alle jedier blev dræbt af Ordre 66, og de få, der overlevede blev dræbt under den følgende "Great Jedi Purge". Jediordnen overlevede gennem handlinger, som Obi-Wan Kenobi og Yoda's træning af Luke Skywalker.